Vagrantで構築した仮想マシンの仮想ディスク（.vmdk）の場所とboxファイルの場所を調べて見ました。 ゴミが残ってないか気になったため。
なお、調べた環境はMacです。 LinuxやWindowsでもだいたい同じような場所にあると思います（が確認はしていません）。
Vagrantのboxファイルの場所
ダウンロードされたboxファイルは「~/.vagrant.d/boxes」ディレクトリに置かれます。 ダウンロードした「CentOS6」と「CentOS7」のファイルがありました。
$ ls -l ~/.vagrant.d/boxes total 0 drwxr-xr-x 4 taro staff 128 10 16 21:03 centos-VAGRANTSLASH-6/ drwxr-xr-x 4 taro staff 128 10 6 09:53 centos-VAGRANTSLASH-7/
仮想マシンの仮想ディスク（.vmdk）の場所
仮想マシンのファイルはホームディレクトリの「VirtualBox VMs」ディレクトリ配下にありました。 これはVagrantで構築したからではなく、単にVirtualBoxがここに作成するだけと思われます。
$ ls -l ~/VirtualBox\ VMs/ total 0 drwx------ 6 taro staff 192 11 8 21:39 test_env_default_1573037589426_49791/ drwx------ 6 taro staff 192 11 12 20:31 test_env_guest1_1573554434078_11181/ drwxpp------ 6 taro staff 192 11 12 20:59 test_env_guest2_1573554493087_47121/ drwx------ 6 taro staff 192 2 2 12:03 wordpress_default_1580610502548_15861/ $ ls -l ~/VirtualBox\ VMs/test_env_default_1573037589426_49791/ total 1889680 drwx------ 4 taro staff 128 11 8 21:38 Logs/ -rw------- 1 taro staff 955514880 11 8 21:39 centos-7-1-1.x86_64.vmdk -rw------- 1 taro staff 1924 11 8 21:39 test_env_default_1573037589426_49791.vbox -rw------- 1 taro staff 1924 11 8 21:38 test_env_default_1573037589426_49791.vbox-prev